地下水污染危害主要包括威胁饮水安全、食品安全和居住安全等。

造成地下水生活饮用水源水质不满足功能要求。当地下水作为饮用水水源，因污染水质指标超过地下水III类水质标准时，地下水丧失了作为饮用水的功能，威胁饮用水环境安全。

利用受污染地下水灌溉农田，会威胁农产品安全。如使用受重金属污染的地下水灌溉农作物，将造成农作物出苗不齐、植株矮小、叶片萎黄及农副产品重金属超标等问题，引起农产品质量下降。

居住区地下水污染，通过有机物挥发吸入、皮肤接触等暴露途径，对居民产生健康风险，危害居民人体健康。